Unter dem Reiter "Help" sind Infos zur Kalibrierung zu finden. Du musst eigentlich nur deine Koordinaten eingeben, Keplerdaten aktualisieren, Soundkarte aussteuern, fertig. Es soll übrigens auch möglich sein, die Keplerdaten manuell einzuspielen oder anderweitig zu beziehen, falls das bei dir nicht funktioniert.
Ich glaube aber, das unbrauchbare Ergebnis vom Anfang hat nichts mit Schräglauf oder Synchronisation zu tun. Einen solchen Schräglauf würde kein Decoder korrigieren können. Wahrscheinlich sampelt die Soundkarte unter dieser Konfiguration einfach Mist. Ich würde daher mal alle entsprechenden Einstellungen im Soundtreiber und bei SDR# durchspielen oder ggf. mal testweise was Einfacheres dekodieren, wie Wetterfax oder SSTV.
Aha, ich dachte du hättest live/direkt dekodiert, aber anscheinend hast du eine Aufnahme mit SDR# gemacht und diese dann nachträglich in WXtoImg eingelesen. Dann wäre offensichtlich, dass WXtoImg mit der vorliegenden .wav-Datei (bzw. den darin enthaltenen Rohdaten) nichts anfangen kann. Der direkteste Weg wäre wahrscheinlich, das Dekodieren live in einem Abwasch hinzubekommen, sei es über ein langes Klinkenkabel oder auch per Minizünder.
Probiere es doch mal aus und berichte uns hier davon Die entsprechenden Links sind ja kein Geheimnis.